Realizei alguns testes com o meu Kingston 1Gb e descobri que formatando ele com o sistema FAT32 (não FAT16 mas sim o mais novo FAT32) com clusters de 4096 bytes (4Kb) a performance de cópia de arquivos pequenos aumentou de forma perceptível e o espaço ocupado pelos arquivos em disco após a cópia não foi muito maior que seu tamanho real.
Para poder escolher os parametros para formatação de um dispositivo a maneira mais fácil é ir ao icone "Meu Computador" clicar com o botão direito e escolher gerenciar (manage se seu sistema estiver em inglês como o meu :) ) . Na janela que abrir escolha gerencialmento de disco (disc management). Nesse momento você deve estar vendo uma janela parcida com a minha:
Notem que o meu pen drive se chama "Mobiledrive" e está destacado como "Disk 1" pelo gerenciador de discos. Agora basta clicar com o botão direito sobre o "Mobiledrive" e escolher "Formatar" (Format). A janela para escolha do tipo de sistema de arquivos vai se abrir:
Agora você pode escolher o sistema de arquivos e o tamanho de cada cluster. Estou usando 4096 e os resultados tem sido bons na medida que a cópia de várias pastas com arquivos pequenos (fontes em Java e PHP) tem sido perceptivelemente mais rápida.
Para mais detalhes sobre sistemas de arquivos e como FAT/FAT32 e NTFS funcionam e com o tamanho dos clusters influencia na performance eu sugiro a leitura deste excelente artigo no forumpcs. É sobre partições em HDs e memória virtual mas explica de forma clara os sistemas de arquivo existentes. Outro artigo muito bom sobre formatação de pen drives é este aqui.
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